Dans la maladie de Crohn, d'autres ulcérations buccales ressemblent à des aphtes communs ou géants et sont spécifiques, avec mise en évidence histologique du granulome tuberculoïde (Crohn métastatique). Les signes digestifs associés (douleurs abdominales, diarrhées) orientent le diagnostic mais les lésions buccales peuvent rester isolées plusieures années.
Dans la rectocolite hémorragique, pathologie inflammatoire non spécifique du colon d'étiologie inconnue, les lésions buccales sont fréquentes (8%) à type d'aphtes et s'observent dans les formes sévères.