Selon le nombre d'aphtes, leur taille et leur fréquence, on distingue plusieurs formes d'aphtoses.
Les aphtes précèdent ou accompagnent parfois d’autres maladies générales qu’il convient de rechercher avant de conclure à une aphtose "idiopathique" : maladie de Behçet, maladie de Crohn, rectocolite hémorragique, maladie cœliaque, déficits en vit. B 12, fer, folates, zinc, neutropénie cyclique idiopathique, agranulocytose, médicaments tels le nicorandil®, nifluril®, pindione®, sels d’or, d-pénicillamine etc.