Le diagnostic d'aphtes géants repose sur l’aspect d’une lésion typique (ulcération arrondie de plus de 1cm, régulière, entourée d’un liseré érythémateux, base souple).
Le problème posé par les aphtes géants multiples est celui du contexte de survenue, soit sans particularités (périadénite de Sutton), soit prise médicamenteuse (nicorandil, antirétroviraux), soit grande aphtose récurrente multipolaire (maladie de Behcet) soit surtout grande aphtose, souvent nécrotique, du SIDA.
Un bourrelet périphérique peut évoquer un carcinome.
Le caractère bipolaire d'une aphtose (oro-génitale) impose de rechercher des éléments suggestifs d'une maladie de Behçet (aphtes plus graves, pseudofolliculites cutanées, hypersensibilité aux points d'injection, uvéite antérieure, atteinte neurologique ou articulaire, phlébite superficielle, terrain génétique HLA B5).